En plus du principe de géoréférencement, qui est fondamental pour VerbaAlpina, la conception globale prévoit aussi la possibilité d'un chrono-référencement, une dimension supplémentaire permettant l'analyse de données diachroniques. Le chrono-référencement est applicable aussi bien aux matériaux linguistiques rassemblés par VerbaAlpina qu'aux matériaux extralinguistiques. La précision du chrono-référencement varie. Dans le cas de données linguistiques issues d'atlas et de dictionnaires, le chrono-référencement est implicite, connu par la date de l'enquête ou bien de la publication. Dans le cas de données issues du crowdsourcing, on peut, sous certaines conditions, les déterminer au jour même. Le chrono-référencement est pertinent dans les cas où des données de différentes générations d'atlas sont disponibles, par ex. de l'AIS (1928–1940) ou encore de l'ALD (1998–2012). Le chrono-référencement n'est pas encore implémenté comme filtre de recherche sur l'interface utilisateur. Dans la mesure du possible, le chrono-référencement se réfère aux normes et standards existants, par exemple ISO 8601 ou TimeML. Dans la base de données VA_DB, il est mis en place en tant qu'attribut de données à part.
L'ASLEF fournit un bon exemple qui montre de manière particulièrement claire le géoréférencement puisqu’en plus des données récoltées pour les mêmes localités, des preuves provenant des atlas linguistiques ALI et AIS ont également été incluses. Dans ce sens, une perspective diachronique est créée, car les données linguistiques collectées par l'AIS des années 1921-1922 et les données d'ALI des années 1925-1943 sont mises en regard des données de l'ASLEF lui-même des années 1974 à 1986. Sur les cartes de l'ASLEF, cela est signalé par divers symboles :

Le "P" fait référence aux données collectées par l’ALI, tandis que le "S" symbolise les données enregistrées par l’AIS. Ces deux lettres se réfèrent aux explorateurs des atlas linguistiques. Ainsi, "P" représente Ugo Pellis, l'explorateur de l'atlas linguistique ALI. "S", quant à lui, fait référence à l'explorateur d'AIS, Paul Scheuermeier.
Ces lettres sont indiquées sur les cartes d'ASLEF lorsque aucune preuve propre n'est disponible. Cela indique donc que les preuves pour ces localités ont été fournies uniquement par l’AIS ou l’ALI. Si des données ont également été collectées par l’ASLEF et concordent avec celles des deux autres atlas linguistiques, les lettres correspondantes sont placées dans un rectangle (AIS) ou un cercle (ALI) derrière les preuves enregistrées sur les cartes de l’ASLEF. Lorsque des données divergentes ont été collectées par l’ASLEF par rapport à l'un des deux autres atlas linguistiques, cela est indiqué par un rectangle sans "S" (AIS) ou un cercle sans "P" (ALI) pour les preuves collectées par l’ASLEF.
Cependant, lors de la transcription pour VerbaAlpina, la prise en compte de ces abréviations n'est pas nécessaire car le chrono-référencement associé est automatiquement intégré dans les cartes numériques de VerbaAlpina lorsque des preuves de tous les atlas linguistiques sont incluses et que toutes les preuves d'une même localité font référence à leur source. Cela crée une perspective diachronique qui permet, dans certains cas, de comparer différentes preuves provenant des différentes années de collecte des atlas linguistiques. On peut donc parler d'un chrono-référencement qui se manifeste dans les cartes de VerbaAlpina.