#NEXUS

[Original alignment subset from Hassanin et al. (2012) Ð re-analysed in Heckeberg et al. (2016) Systematic relationships of five newly sequenced cervid species. PeerJ Ð ]

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	Blastocerus_dichotomus                     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	Elaphurus_davidianus                       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	Hippocamelus_antisensis                    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	Mazama_rufina                              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	Muntiacus_vuquangensis                     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	Ozotoceros_bezoarcticus                    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	Przewalskium_albirostris                   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	Giraffa_camelopardalis_angolensis_NC012100 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	Hyemoschus_aquaticus                       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;
End;


begin mrbayes;

set autoclose=yes nowarn=yes;

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partition mtgenome_parts = 7: 
[p1] 12S 16S ND6RCP1 tRNA1 tRNA10 tRNA11 tRNA12 tRNA2 tRNA3 tRNA4 tRNA5 tRNA6 tRNA7 tRNA9,
[p2] CO1P1 CO2P1 CO3P1 ND1P1 ND3P1,
[p3] A8A6P2 CBP2 CO3P2 ND1P2 ND2P2 ND3P2 ND4L4P2 ND5P2,
[p4] CBP3 CO3P3 ND1P3 ND2P3 ND3P3 ND4L4P3 ND5P3 ND6RCP2,
[p5] A8A6P1 CBP1 ND2P1 ND4L4P1 ND5P1 ND6RCP3 tRNA8,
[p6] CO1P2 CO2P2,
[p7] A8A6P3 CO1P3 CO2P3;

set partition = mtgenome_parts;
	
[p1 3 4 5]
lset applyto=(1,3,4,5) nst=6 rates=gamma;
[p2]
lset applyto=(2) nst=6 rates=gamma;
prset applyto=(2) statefreqpr=fixed(equal);
[p6]
lset applyto=(6) nst=2 rates=propinv;
[p7]
lset applyto=(7) nst=2 rates=gamma;


prset applyto=(all) ratepr=variable;

unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all); 

mcmcp ngen=20000000 relburnin=yes burninfrac=0.25 printfreq=5000 temp=0.35 diagnfreq=50000 samplefreq=5000 nchains=4 savebrlens=yes;
	mcmc;
	sump;
	sumt burnin=500;
	

end;